La afición de Eugenio Morales Agacino a las Ciencias Naturales despierta de la mano de un profesor de Biología en la Facultad de Medicina de la Universidad de Barcelona, Vila Nadal, inolvidable para Morales, quien en 1931 le pone en contacto con el que sería a partir de aquel momento su mentor y maestro, Ignacio Bolívar y Urrutia.
La primera labor entomológica, por invitación de Bolívar, la realiza Eugenio en 1931, en La Granja de San Ildefonso (Segovia), recolectando insectos de la Sierra de Guadarrama para el Museo. El propio Bolívar propone que Eugenio acompañe a Fernando Martínez de la Escalera en una expedición naturalista al norte de Marruecos en 1932.
Fue durante el VI Congreso Internacional de Entomología, en 1935, cuando Eugenio tuvo ocasión de conocer a los mayores expertos de la época, en especial a los dedicados al estudio de los ortópteros y afines como Boris P. Uvarov, Lucien Chopard, Malcolm Burr o F.S. Bodenheimer.
Entre 1941 y 1946 Eugenio realiza tres expediciones al Sahara que permiten estudiar los ortópteros del desierto y profundizar en el conocimiento de las plagas de langosta. Eugenio Morales publica una treintena de artículos entomológicos, la mayoría de los cuales dedicados a las langostas, los saltamontes, las cucarachas y las santateresas.
En mayo de 1949 vuelve Eugenio a Marruecos y, después cruza a Argelia, donde se reúne con diversos entomólogos franceses encargados del problema acridiano en la zona. En septiembre del mismo año es comisionado para asistir a la Conferencia sobre Biología y Ecología de la langosta del Mediterráneo que, organizada por la FAO, tiene lugar en Beirut.
A primeros de 1951, Eugenio se compromete con la FAO para ser el responsable de la lucha contra la langosta migratoria en los países centroamericanos, en un organismo denominado con el acrónimo CICLA, y con sede en Managua. Durante su periplo americano Eugenio Morales publica nueve trabajos, la mayoría relacionados con el problema acridiano en América Central y México.
Entre 1956 y 1966, Eugenio Morales publica 14 trabajos, la mitad dedicados a los ortópteros, y el resto a mamíferos y otros asuntos.
En 1960 participa en el XI Congreso Internacional de Entomología, en Viena; y en 1964 asiste en Roma a las sesiones del Comité de la FAO para la lucha contra la Langosta del Desierto. Ese mismo año, asistirá en Londres al XII Congreso Internacional de Entomología, como delegado del Instituto Español de Entomología.
De nuevo por encargo de la FAO, Eugenio es enviado a Irán en octubre de 1967 para el estudio de las plagas agrícolas. Allí trabaja sobre la chinche de los cereales (Eurygaster) y prospecta numerosos ortópteros por buena parte del país.
De regreso a España, continúa su trabajo en el Instituto Nacional de Investigaciones Agrarias, y en los años 70 regresa al Sahara donde, junto a otros entomólogos agrícolas, realiza nuevas observaciones y prospecciones sobre la langosta. Publica doce trabajos, la mayoría relacionados con los ortópteros, y con su labor en Irán.
En 1976 Eugenio comienza una fructífera colaboración con la Universidad Autónoma de Madrid. Como experto en ortópteros, asesora y trabaja con los jóvenes genéticos del Departamento de Biología. Fruto de esta colaboración es una docena de artículos científicos.
En relación con los ortópteros, Eugenio Morales Agacino describió 38 nuevos taxones para la Ciencia: dos géneros, dos subgéneros, veinte especies y catorce subespecies. Además describió los machos (hasta ese momento desconocidos) de otras cinco especies de insectos, y las hembras de otras ocho. De modo simultáneo a su trabajo sobre sistemática de ortopteroides, Morales se ocupó del fenómeno migratorio de las langostas. Afrontó este problema tanto desde el punto de vista ecológico, como desde el punto de vista económico y social. Este trabajo queda sólo parcialmente reflejado en sus publicaciones (en general informes de la FAO), puesto que una parte sustancial de él se desarrolló como asesor, conferenciante o experto que "a pie de plaga" observó, estudió y propuso estrategias de defensa de los cultivos contra el ataque de las langostas.
